Visi dan misi yang akan KEHATI capai melalui serangkaian program dan kegiatan dilaksanakan berdasarkan prinsip-prinsip dan nilai-nilai dasar sebagai berikut:

• Keanekaragaman. Meyakini bahwa keanekaragaman hayati dan kehidupan di dalamnya menjamin keberlangsungan kehidupan di bumi. Oleh karenanya, KEHATI menghormati keragaman nilai-nilai ekologis, ekonomis, budaya, hukum, dan spiritual, serta mendukung kemajemukan kehidupan baik di alam maupun kehidupan sosial.

• Keberlanjutan. Meyakini bahwa semua generasi memiliki hak fundamental untuk kehidupan yang wajar dan lingkungan yang seimbang dalam jangka panjang. KEHATI menjunjung tinggi prinsip-prinsip pembangunan yang berkelanjutan dengan senantiasa memperhatikan daya dukung lingkungan, peningkatan ekonomi masyarakat, dan kepentingan antar-generasi, perilaku yang menjaga keseimbangan ekosistem, dan keberlangsungan kehidupan.

• Keadilan. KEHATI mengembangkan sikap dan perilaku yang memenuhi rasa keadilan dengan menerapkan pembagian manfaat dan tanggung jawab secara adil, demokratis, dan berwawasan gender. KEHATI juga memberi peluang dan kesempatan yang sama kepada semua komunitas dan memperhatikan keadilan antar-wilayah dan antar-generasi.

• Keberpihakan. Dalam upaya-upaya pelestarian dan pemanfaatan keanekaragaman hayati secara berkelanjutan, KEHATI menjunjung tinggi azas keberpihakan pada kelompok-kelompok masyarakat yang rentan, miskin dan marjinal.

• Kepercayaan. Menempatkan kepercayaan (trust) sebagai modal yang berharga dan paling menentukan dalam membangun kerja sama dan kemitraan. Dengan demikian, KEHATI berupaya membangun dan menjaga kepercayaan yang tinggi, baik di lingkungan internal maupun dalam relasi multipihak.