Kehadiran Yayasan Keanekaragaman Hayati Indonesia (KEHATI) sejak 12 Januari 1994 dimaksudkan untuk menghimpun dan mengelola sumberdaya yang selanjutnya disalurkan dalam bentuk dana hibah, fasilitasi, konsultasi dan berbagai fasilitas lain guna menunjang berbagai program pelestarian keanekaragaman hayati Indonesia dan pemanfaatannya secara adil dan berkelanjutan.

Keberadaan Yayasan KEHATI tidak terlepas dari wujud pelaksanaan KTT Bumi di Rio de Janeiro tahun 1992 dan Deklarasi Tokyo tahun 1993 dimana pimpinan tiga negara yaitu Amerika Serikat, Jepang dan Indonesia sepakat bekerja sama untuk membantu program pelestarian keanekaragaman hayati secara berkelanjutan di Indonesia. Emil Salim, yang pada tahun 1993 telah selesai menjabat sebagai Menteri Negara Kependudukan dan Lingkungan Hidup, diminta oleh Pemerintah Indonesia untuk membentuk organisasi non-pemerintah sebagai penampung dan pelaksana program keanekaragaman hayati dengan bantuan hibah dari Pemerintah Amerika Serikat. Dengan bantuan rekan-rekan tokoh organisasi non-pemerintah, seperti Koesnadi Hardjasoemantri, Ismid Hadad, Erna Witoelar, M.S. Kismadi, dan Nono Anwar Makarim, disusunlah anggaran dasar, organisasi dan program kerja Yayasan Keanekaragaman Hayati Indonesia, disingkat KEHATI.

Hibah yang diperoleh dari Amerika Serikat ini berbentuk dana cadangan abadi (endowment fund). Dana abadi ini diputar di pasar modal dalam bentuk saham dan obligasi. Hasil dari perputaran dana ini diperoleh imbalan yang dipakai untuk membiayai program bantuan hibah yang dilaksanakan oleh mitra KEHATI. Bantuan KEHATI dapat berbentuk dana hibah, tenaga ahli, konsultasi dan berbagai bentuk fasilitasi bagi kegiatan LSM, KSM, lembaga penelitian, pendidikan dan pelatihan serta berbagai organisasi dan komponen masyarakat madani yang memiliki program dan kegiatan sejalan dengan program KEHATI, pelestarian dan pemanfaatan keanekaragaman hayati secara adil dan berkelanjutan.

KEHATI bertindak sebagai katalisator untuk menemukan cara-cara inovatif dalam melestarikan, mengelola dan memanfaatkan keanekaragaman hayati Indonesia secara berkelanjutan. Berbagai bentuk kerja sama dijalin dengan lembaga-lembaga yang dapat mendukung visi dan misi KEHATI, seperti pemerintah pusat dan daerah, komunitas bisnis, perguruan tinggi, LSM/KSM, asosiasi profesi, maupun media massa. Dukungan berbagai pihak tersebut di atas sangat diperlukan untuk menyelamatkan keanekaragaman hayati Indonesia dari kemusnahan, sehingga manfaat dari kelestarian keanekaragaman hayati dapat dirasakan hingga generasi penerus kelak.