Yayasan KEHATI merupakan lembaga nirlaba yang mengemban amanat untuk menghimpun, mengelola, dan menyalurkan dana hibah bagi pelestarian dan pemanfaatan keanekaragaman hayati di Indonesia secara berkelanjutan untuk kesejahteraan masyarakat Indonesia. Selama lebih dari dua dekade, KEHATI telah bekerja sama dengan lebih dari 1000 lembaga lokal yang tersebar dari Aceh hingga Papua, serta mengelola dana hibah lebih dari US$ 200 juta. Dana hibah tersebut antara lain berasal dari donor multilateral dan bilateral, sektor swasta, endowment fund, filantropi, dan crowd-funding.

Program-program KEHATI mengacu pada rencana strategis organisasi yang disusun setiap lima tahun dimana pada tahun 2019 KEHATI meluncurkan renstra terbaru untuk periode 2019-2023. Terdapat 4 pendekatan program (kewilayahan ekologi, pelibatan dan partisipasi publik, berbasis masyarakat lokal dan adat, dan tatakelola yang baik) dan 5 tujuan strategis sebagai berikut:

1. Program pelestarian dan pemanfaatan nilai-tambah keanekaragaman hayati secara berkelanjutan diterapkan secara lebih luas dan efektif serta mampu membangun kemandirian pelaksanaannya di lapangan.
2. Kebijakan dan regulasi terkait konservasi keanekaragaman hayati yang berkeadilan serta tata kelola yang baik disusun dan diterapkan berdasarkan hasil pembelajaran, kearifan lokal dan ilmu pengetahuan.
3. Dukungan publik dan peran serta masyarakat terhadap konservasi keanekaragaman hayati maupun perbaikan tatakelolanya menjadi lebih nyata, kuat dan meluas.
4. Sumber pendanaan konservasi keanekaragaman hayati lebih banyak dan beragam, lebih inovatif, serta lebih mudah di akses dan disalurkan.
5. Kelembagaan KEHATI menjadi lebih efektif, efisien, dan adaptif untuk mendukung tercapainya strategi dan tujuan program dalam jangka panjang.

Pelaksanaan program KEHATI dibagi ke dalam 3 ekosistem yaitu ekosistem kehutanan, ekosistem pertanian, dan ekosistem kelautan.

Ekosistem kehutanan memiliki 1 program strategis yaitu Taman Kehati (keanekaragaman hayati), sebuah kawasan pencadangan sumber daya alam (genetik) di luar kawasan hutan yang dikelola secara kolaboratif antara pemda dan masyarakat lokal. Program lainnya pada ekosistem kehutanan adalah agroforestri dan rehabilitasi hutan, penguatan kawasan konservasi hutan, monitoring satwa langka dan dilindungi, dan menghidupkan kembali area riparian/tepian sungai. Selain itu terdapat program khusus dalam ranah ekosistem hutan yaitu Tropical Forest Conservation Action (TFCA) untuk wilayah Sumatera (TFCA-S) dan Kalimantan (TFCA-K). TFCA merupakan skema pengalihan utang antara Pemerintah Amerika Serikat dengan Pemerintah Indonesia yang bekerja untuk mendukung dan memfasilitasi kegiatan konservasi hutan tropis di Sumatera dan Kalimantan.

Ekosistem pertanian memiliki 1 program strategis yaitu pengembangan pangan lokal, upaya meningkatkan ketahanan pangan masyarakat melalui pengembangan sumber pangan yang berasal dari daerah setempat seperti sorgum di Flores dan sagu di Papua. Program ekosistem pertanian lainnya adalah tatakelola perkebunan kopi berkelanjutan, konservasi bambu, dan pertanian organik. Program khusus dibawah ekosistem pertanian adalah Strengthening Palm Oil Sustainability (SPOS) yaitu program untuk mendukung pengelolaan perkebunan kelapa sawit berkelanjutan di Indonesia.

Ekosistem kelautan memiliki 1 program strategis yaitu konservasi mangrove, meliputi upaya pelestarian dan pemanfaatan berkelanjutan ekosistem mangrove, serta mitigasi perubahan iklim (blue carbon). Program ekosistem kelautan lainnya adalah konservasi terumbu karang, ekowisata berkelanjutan, dan pengelolaan sampah. Program khusus di ekosistem kelautan adalah Blue Abadi Fund (BAF), yaitu program konservasi laut di wilayah bentang laut kepala burung (bird’s head seascape) Papua Barat melalui penguatan pengelolaan Marine Protected Area (MPA) dan pemberdayaan masyarakat pesisir.

Program baru yang akan dikembangkan dalam 4 tahun kedepan adalah energi baru terbarukan, perikanan berkelanjutan, dan bioprospecting.